也不能完全将清廷置之不理，最理想的办法就是在北京留下一个值得信赖的人，并且出任清廷的高官，负责逐渐处理袁世凯在北京的资产，同时也为袁世凯在朝中折冲周旋，并将朝中发生的大事极时通知给袁世凯。
当然，袁世凯早就开始在朝廷中扶植自己的亲信，在他进入军机处后，就推荐心腹徐世昌为大理寺卿，1年之后晋升为户部侍郎。
徐世昌和袁世凯是莫逆之交，关系相当深厚，同时也是袁世凯最信任的人，而且徐世昌的处事能力也很强，能在1年之内由大理寺卿晋升为户部侍郎，尽管是有袁世凯照应，但也和徐世昌的能力强，能办实事有很大的关系，因为户部管理清廷的财政，是六部中最重要的部门之一，能在户部任职，没有两把刷子是不行的，而且徐世昌在户部任职年余，工作也十分出色，颇受好评。因此袁世凯决定在南下之前，向清廷推荐徐世昌进军机，算是自已留在北京的一个代理人。
这几件事情，如果清廷不能做到让袁世凯满意，哪么袁世凯也不会轻意的奉旨南下。
而接到了袁世凯的这几项要求之后，清廷也进行了讨论，首先确认的事情是军队的调备，因为袁世凯要求带两个镇的北洋新军南下，是在他接受命时就提出来的，当时朝廷也答应了这个要求，因此现在不过是再确认而己。
另外清廷也有自己的打算，袁世凯练成北洋新军之后，就一直成为清廷的一块心病，到也不完全是担心袁世凯拥兵自重，而是谁有兵权都会成为朝廷的心腹之患，而且袁世凯在练兵时也刻意扩大自己在北洋新军中的影响力，北洋新军“只知袁官保，而不知有朝廷” 也决不是一句虚言，何况北洋新军六个镇，除了第一镇之外，其他五个镇都是由袁世凯的心腹控制，清廷也不可能不对袁世凯有所顾忌，要求朝廷了袁世凯的军权的声音，在清廷一直都是有的。
在清廷进攻河南根据地的战斗中，北洋一镇遭到重创；三镇几乎全军覆没，在战争结束之后，清廷借恢复这两个镇的名议，终于将北
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