著和平相处，而且华人带来了先进的生产技术，促进了南洋的社会经济展，也有不少土著从中受益。尽管也有少数土著眼红华人的财富，但毕竟势单力孤，难以有大做为。
但进入15、16世纪，欧洲殖民者来到南洋，建立殖民地，情况就生了变化，华人的财富引起了殖民者的贪婪，而大量的群居，又让殖民者感到恐惧。而且殖民者对殖民地的残酷剥削，也让土著们积累了大量的怨气，因此殖民者往往采取挑拨华人与土著的关系、煽动土著对华人的仇恨方式，甚致掠夺华人的财富、大量的屠杀华人。这样不仅可以化解土著对殖民者的怨气，将对殖民者的仇恨转移到华人身上，并且造成土著与华人的族群对立，便于殖民者分而治之，维持对殖民地的统治。
而有些眼红华人财富的土著自然是正中下怀，而殖民者或者为土著提供武器，或者自己亲自带队上场，造成了一次又一次排华的大屠杀事件。其中最著名的是明万历31年（16o3年）的菲律宾马尼拉华人大屠杀，清乾隆5年（174o年）的爪哇红溪惨案，在这两事件中丧生的华人都达到数万人。而除了这两次大规模的排华屠杀事件之外，几乎每隔十几年，南洋总会生一次排华事件，只是规模的大小不同。
另外南洋排华事件的频频生，也和当时中国政府的毫无作为有极大的关系，其实在马尼拉华人大屠杀、红溪惨案生时，中国在亚洲还有绝的主导优势，因此在惨案生以后，当事的西班牙、荷兰殖民当局都怕遭到当时中国政府的报复，因此都主动派出使者到中国来辩解，但中国这最后的两个封建王朝对待这两场惨案的处理方式几乎是一模一样。
万历皇帝对西班牙殖民当局布了一份《谕吕宋檄》，其有：“海外争斗，未知祸；又中国四民，商贾最贱，岂以贱民，兴动兵革?又商贾中弃家游海，压冬不回，父兄亲戚，共所不齿，弃之无所可惜，兵之反以劳师。”
而乾隆对红溪惨案的态度是：“天朝弃民，不惜背祖宗庐墓，出洋谋利，朝廷概不闻问。”
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