士之家，父亲十右卫门，在仙台藩水泽馆主伊达将监门下当侍卫长，明治维新后归家务农。吼去福岛，志愿学医，1874年（明治七年）进入福岛县须贺川医学校学习，取得医师资格。1882年25岁时任爱知县医学校校长兼任爱知县医院院长。力图改善经营管理，发展社会事业，普及卫生思想，因而见闻与世。
189o年被派往德国留学，学至中途回国，1892年11月任内务部卫生局局长，他就在其踌躇满志之时却因“相马家内讧”案的牵连，不仅被迫丢掉了局长的位子，而且还被关进了监狱，半年后，真相大白而出狱。
后藤新平并没有因此次的挫折和打击而沉沦堕落，他的东山再起也正是与其操守医生旧业息息相关。1894年中日甲午战争爆发。军医总监黑石忠憨推荐他到明治天皇所在的广岛大本营工作，直到签订和约，战后建议检疫是当前的紧急任务，于1895年4月任6军检疫事务官长，时任6军次官的儿玉源太郎看到他非常勤奋努力从事工作，遂把他记在心中，同年9月重任卫生局长，再任2年半，致力于内务行政及卫生设备的革新改善，与北里柴三郎共同创立了预防传染病研究所。
1898年儿玉源太郎出任台湾总督府的长官，他就邀请了后藤新平随其一道到台湾，担任台湾总督府的卫生顾问，3月又被破格拔擢为民政长官。在儿玉源太郎的宠信之下，后藤新平的才干得以充分的展示。成为台湾民政长官，他把旧中国的保甲制度和新式的警察制度结合起来，很快恢复了当地的秩序，改革当地的土地所有制和税收制度，并改善公共卫生措施。他促进铁路、公路和港口建设，帮助发展轻工业特别是糖厂，采用统一的货币和计量制度，努力巩固日本人和日语在台湾的统治地位。19oo年义和团运动爆发后，和儿玉密谋出兵占领福建，被政府以准备不足阻止。
这使得后藤洗牌成为了日本首屈一指的殖民地经营家，出任满铁总裁后，他提倡新旧大6对抗论，要日本联合俄国，将南满铁路、东清铁
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