在那之后，五军都督府地位一落千丈。
兵部逐渐合并了五军都督府的职权，军政一体，某种方面又和明初的中书省类似。
甚至于到现在，五军都督府完全已经形同虚设，全部的职权都已经被兵部接管。
五军都督府的官职，对武将来说，只相当于“兼赠”，完全不需要述职，寻常军务都由地方文官接手，再由文官上报兵部。
五军都督府既不能管理武将的升迁调动，也不能插手卫所屯田和寻常操守，已经完全丧失了统管天下兵马的职能。
朱由校现在要做的，其实只是恢复祖制。
有些祖制需要唾弃，朱由校没有半点愧疚感，因为时代需要进步，同时，有些祖制则需要恢复。
五军都督府直属于皇帝，只要五军都督府的职权仍在，皇帝就拥有对地方武将的直接控制。
手握兵马大权的皇帝，足以改变很多事情。
换句话说，如果江南三卫反叛时，五军都督府的职权仍在，很大程度上他们是闹不起来的。
“英国公有异议吗？”朱由校看了一眼张维贤，面色带着略微的不满，但语气并不是很强硬。
张维贤只是一时惊呆，他自然知道整顿中军都督府的影响。
“陛下圣明，臣无异议。”
“这样就好。”朱由校轻轻的点头，然后说道：
“既然要整顿中军都督府，那在此之后中军都督府下辖各卫所的屯种、操训事务，悉都交由地方中军都督府衙门接管。
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